Fue por el año de 1539 cuando, por orden directa de Gonzalo Giménez de Quesada, en reunión conjunta con Martín Galeano y los demás capitanes, se decidió fundar, según los designios de la corona de Castilla, la ciudad de Vélez en el Nuevo Reino de Granada, en honor a la ciudad de Vélez, en Málaga, España, siendo esta la segunda ciudad en fundarse, después de Santa Fe de Bogotá. La expedición española escogió el lugar después de una penosa y larga búsqueda de la provincia de los Chipataes, indígenas que habitaron la actual provincia de Vélez; los soldados estaban cansados y algo desechos por la ruta peligrosa y desafiante de Tinjaca que conducía hacia Suta y Moniquira, esto ocasionó que se escogiera el día 3 de julio un lugar de descanso permanente, sin embargo sería el 14 de septiembre del mismo año que se designó la planicie que hoy se conoce como Vélez, para la fundación de este bello municipio. Este sería un lugar de descanso para las tropas. El capitán Martín Galeano escogió entre sus súbditos al que sería el primer cabildo de la ciudad; entre ellos se encontraban: Juan Alonso De la Torre, Diego Gueta, Marcos Fernández, Alonso Pérez, Alguacil Mayor Miguel seco y Mollano y Escribano Pedro de Salazar.

Pero, la situación no sería tan prometedora para los españoles, debido a que tendrían que afrontar una lucha desenfrenada y valiente contra el ataque de los caciques Tisquizoque y el cacique Saboyá. Los españoles tenían el derecho, por parte de la corona española, de usufructo y apropiación de los recursos y la ciudad fue un punto clave en esta mentalidad mercantilista de los españoles y de la Corona. Sin embargo, la tarea encomendada no fue tan fácil, debido a que muchos pueblos indígenas se les opusieron, entre ellos se cuenta innumerables enfrentamientos contra los grupos de indígenas de la sierra de Agatá, de los ríos Horta, y Carare.

El desarrollo comercial de la ciudad estuvo estancada cierto tiempo; la resistencia valerosa que hacían los indígenas a las tropas españolas impedía que se abrieran caminos y se construyera un sistema comercial de venta y compra de productos. El municipio tuvo un lento crecimiento. Además, otro de los aspectos que dificultaron su desarrollo se debió al difícil acceso que tenía la ciudad con Tunja y con Santa Fe, las dos ciudades con las cuales se podía comercializar y de donde provenían los suministros para los españoles.

Ese problema sería resuelto, cuando por el año de 1543 el capitán Luis Lanchero, comisionado por el gobernador Alonso Luis de Lugo, desarrolló un nuevo camino entre Carare y el desembarcadero del rio Magdalena. Esto permitió que no se utilizara el tan sufrible camino del Opón, que conducía a Bogotá, pasando por Tunja. El cabildo veleño solicitó a la corte del rey utilizar como monopolio comercial este desembarcadero, lo cual hizo que este municipio tuviera un apoteósico crecimiento. El desembarcadero proporcionó un desarrollo económico tanto para esta ciudad como para Tunja y otras que estaban en el centro del nuevo reino y que comenzaban a surgir. Para su mejoramiento, en el año de 1559, el cabildo de Vélez ordenó hacer mejoras a lo largo del camino, para ello envió a indígenas sometidos por las tropas españolas para que hicieran los arreglos correspondientes. Luego de eso, pudieron entrar a la región una gran variedad productos provenientes de España, tanto para beneficio comercial, como de índole personal y doméstico; también, se fomentó el comercio hacia fuera de la región con los productos fabricados por los indígenas, como las mantas y las harinas.

En el año de 1560, la ciudad tuvo un mejoramiento en sus calles y una década después, con el descubrimiento de las minas de oro en el Chicamocha y en Pamplona, la parte arquitectónica tuvo un embellecimiento sustancial. Pero esta ciudad estaba destinada a no depender del oro, por lo que en el año de 1580 tuvo que buscar nuevas fuentes de financiación, porque la ciudad de Pamplona reclamaba para sí las minas que estaban en su jurisdicción, para ello, gracias a una doble vocación comercial de sus habitantes que habían desarrollado desde sus primeros años, Vélez empezó a comercializar productos comestibles, dado por la creciente expansión de la caña de azúcar y de los maestros azucareros.

Desde sus primeros cimientos, Vélez siempre ha contado con un protagonismo en la política del país y de la región, tanto así, que para el año de 1832 oficio como Gobernación, con Cámara Provincial, Gobernador y Tribunal Superior y ahora, con la alegría y el encanto musical de sus habitantes, se le conoce como la Capital Folclórica de Colombia.